Struktur Kurikulum Program Studi Magister Sistem Komputer dirancang tahapan-tahapan yang dapat diselesaikan dalam empat semester, dengan tidak menutup peluang untuk diselesaikan dalam tiga semester. Matakuliah yang sifatnya pembekalan untuk memberikan kemampuan analisis dan pengetahuan lanjut tentang Sistem Komputer diberikan pada tahun pertama (Semester I) dan metodologi penelitian (Semester II). Pada Semester III mahasiswa diarahkan untuk memilih mata kuliah pilihan sesuai dengan bidang keahlian yang diminati. Sedangkan pada Semester III mahasiswa diwajibkan melakukan penelitian yang diakhiri dengan penulisan tesis pada Semester IV.
| Matakuliah Wajib Umum | 24 SKS |
| Matakuliah Wajib Konsentrasi | 6 SKS |
| Mata Kuliah Pilihan | 4 SKS* |
| Seminar Proposal | 2 SKS |
| Riset Penelitian | 2 SKS |
| Tesis | 6 SKS |
| Total | 42 SKS |
Struktur mata kuliah pada setiap semester adalah sebagai berikut.
Semester 1 (12 SKS)
| Nama Mata Kuliah | Kode | SKS |
| Sistem Operasi Lanjut | 2 | |
| Organisasi dan arsitektur Komputer lanjut | 2 | |
| Analisis dan Pemrograman berbasis Objek | 2 | |
| Rekayasa Sistem Digital | 2 | |
| Sistem Komunikasi Nirkabel dan Mobile | 2 | |
| Analisis dan Perancangan Sistem Informasi | 2 | |
| Jumlah | 12 | |
Semester 2 (12 SKS)
| Nama Mata Kuliah | Kode | SKS |
| Analisis dan Pemrograman Kecerdasan Buatan | 2 | |
| Teknologi Jaringan Komputer | 2 | |
| Evaluasi Kinerja dan Optimasi Sistem Komputer | 2 | |
| Sistem Komputasi Mobile | 2 | |
| Filsafat Ilmu | 2 | |
| Metodologi Penelitian | 2 | |
| Jumlah | 12 | |
Semester 3 (12 SKS)
| Nama Mata Kuliah | Kode | SKS |
| Seminar Proposal Penelitian | 2 | |
| Mata kuliah Pilihan konsentrasi | 2 | |
| Mata kuliah Pilihan konsentrasi | 2 | |
| Mata kuliah Pilihan konsentrasi | 2 | |
| Mata kuliah Pilihan konsentrasi | 2 | |
| Mata kuliah Pilihan konsentrasi | 2 | |
| Jumlah | 12 | |
Semester 4 (8 SKS)
| Nama Mata Kuliah | Kode | SKS |
| Riset Penelitian | 2 | |
| Tesis | 6 | |
| Jumlah | 8 | |
Mata Kuliah Pilihan
| Semester | No | Kode MK | Nama MK (pilihan) | Bobot SKS | Unit/ Jur/ Fak Pengelola |
| (1) | (2) | (3) | (4) | (5) | |
| III | 1 | Embedded System (Sistem tertanam/sistem tersemat) | 2 | Sistem Komputer | |
| 2 | Sistem Terdistribusi | 2 | Sistem Komputer | ||
| 3 | Aplikasi sistem berbasis mikrokontroller | 2 | Sistem Komputer | ||
| 4 | Evaluasi Kinerja dan Optimasi Sistem Komputer | 2 | Sistem Komputer | ||
| 5 | Sistem Keamanan komputer | 2 | Sistem Komputer | ||
| 6 | Sensor network (Jaringan Sensor) | 2 | Sistem Komputer | ||
| 7 | Aplikasi Cloud Computing (Teknoligi Komputasi awan) | 2 | Sistem Komputer | ||
| 8 | Pemrograman Aplikasi Jaringan | 2 | Sistem Komputer | ||
| 9 | Teknik Akusisi data dan monitoring | 2 | Sistem Komputer | ||
| 10 | Sistem Instrumentasi Cerdas | 2 | Sistem Komputer | ||
| 11 | Pemodelan Sistem Otomasi | 2 | Sistem Komputer | ||
| 12 | Teknik Pengolahan Citra | 2 | Sistem Komputer | ||
| 13 | Aplikasi Kecerdasan Komputasi | 2 | Sistem Komputer | ||
| 14 | Analisis dan Pemrograman Kecerdasan buatan | 2 | Sistem Komputer | ||
| 15 | Grafika Komputer | 2 | Sistem Komputer | ||
| 16 | Sistem Pakar | 2 | Sistem Komputer | ||
| 17 | Virtual Reality | 2 | Sistem Komputer | ||
| 18 | Augmented Reality (Realitas tertambah) | 2 | Sistem Komputer | ||
| 19 | Teknologi Game | 2 | Sistem Komputer | ||
| Total SKS Mata Kuliah Pilihan | 38 | ||||
Pascasarjana STMIK Handayani (PPS) STMIK Handayani menjadi Sekolah Tinggi Pertama di Indonesa yang Menyelenggarakan Program Studi S2 Sistem Komputer. SK Penyelenggarana Prodi Tersebut tertuang dalam Surat keputusan BAN-PT No. 2087/SK/BAN-PT/Akred/M/VIII/2017 
